Maymun Prens, 2 milyon yıl önce geçen bir hikayeyi anlatıyor. Hikayenin kahramanı Eduard, maymun kralın zayıf ve sakat oğlu. Kralın danışmanlarının telkiniyle Eduard, krallıktan uzaklaştırılır ve ormanda ölüme terk edilir. Fakat Eduard şans eseri, Ian adında bir albino maymun tarafından kurtarılır ve onunla birlikte büyür. Ian, Eduard'a hayatta kalmayı, doğayı ve sevgiyi öğretir. Yıllar sonra Eduard, kralın sarayına geri döner. Güçlü ve zeki bir maymuna dönüşen Eduard, krallıkta adaletsizliğe ve vahşete karşı mücadele etmeye başlar. Babasının tahtını geri almak için amcasıyla ve diğer rakipleriyle savaşmak zorunda kalacaktır.